Думаю, что гарантийное обязательство это неотъемлемая часть товара или основной услуги и счёт надо выставить на всю сумму 50.000.- + НСО. Неуплаченная сумма будет висеть в строке "неоплаченые счета покупателей". В договоре указать срок, когда клиент должен выплатить остаток.
P.S. Хотя мне кажется это не правильно.
Или Вы даёте гарантию и клиент должен уплатить всю сумму. Вы соответственно обеспечиваете гарантией в течении 2 лет.
Или клиент отказывается от гарантии и тогда Вы выставляете счёт за минусом 5000.- и НЕ обеспечиваете гарантией (не знаю правда можно ли так по закону о защите потребителей, но думаю, что с согласия обех сторон можно)
А играть так, как хочет сейчас Ваш клиент не положено.(Если будет соответствующая гарантия, то деньги выплатим ч/з 2 года, если нет, то....и тогда опять головная боль в бухгалтерии

)