Если счет выставляется и анулируетя в разных периодах налогообложения, то анулироват его можно толко минусовым счетом (кредит счет). На кредит счете должна быт обязателно ссылка на ранее выставленный счет. На основании кредит счета КМ декларацию изменяете в том периоде налогообложения, в котором был выставлен кредит счет.
Kaibemaksuseadus par.13, p.4