Как показывает практика, удобней вариант с двумя программами - одна для бухгалтерского учёта, другая для счётчиков, метров, и т.д. Попытки соединить эти две разные задачи есть, но неудачные.
Самый дешёвый вариант
Купить программу
Korter (в районе 1000 еек за одно товарищесто), а бухгалтерию вести вручную. Бухгалтерии, как таковой, в KÜ не так уж и много.
Самый удобный вариант
Купить кроме указанной программы ещё и бухгалтерскую. Например, ту же 1С:Бухгалтерию 6.0.
Самый рекламируемый вариант
Купить программу, на которой можно делать и то, и другое. Есть для 1С:Бухгалтерию 6.0 настройки для KÜ, но там будут свои ограничения - внимательон просмотрите все возможности программы перед покупкой.
Если сможете найти удобную программу других разработчиков - сообщите.

Эстонские, конечно, есть. Если потянете обслуживание на государственном - поищите
здесь.
И многое зависит от сумм, которыми вы располагаете. Перечисленные мной варианты потребуют от вас не больше 5000,-