отпускные начисляются за отработанное время.
А как ваш работник числился?, так и начисляйте отпускные.
Так Вы его увольняете по какой причине? Не было работы или он злостный прогульщик?
если у вас есть табель рабочего времени, где видно, что он к работе не приступал, то я бы ничего не начисляла. В прилодении к ТД написала бы, что к трудовым обязаннастям не приступал.